بررسی ساختار ژنتیکی روباه معمولی(Vulpes vulpes) در مرکز ایران با استفاده از توالی ژن ناحیه کنترل میتوکندری

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی دکتری تنوع زیستی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان

2 استادیار دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان

3 استادیار دانشکده محیط زیست دانشگاه گیلان

چکیده

در این مطالعه به منظور بررسی ساختار ژنتیکی روباه معمولی در مناطق مرکزی ایران، 32 نمونه بافت از پنج استان (اصفهان، تهران، سمنان، کرمان و یزد) جمع‌آوری شد. پس از استخراج DNA، ژن ناحیه کنترل از ژنوم میتوکندری توسط واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز تکثیر و 327 جفت نوکلئوتید از این ژن برای هر نمونه توالی‌یابی شد. نتایج نشان داد که 24 هاپلوتایپ متفاوت در بین نمونه‌ها وجود دارد و تنوع هاپلوتایپی برابر با 98/0 است. با توجه به نتایج تجزیه و تحلیل واریانس مولکولی (AMOVA) نمونه‌ها، شباهت متوسطی بین جمعیت‌ها وجود دارد و بیش‌ترین واریانس نمونه‌ها مربوط به تغییرات درون جمعیتی است. بر اساس میزان شاخص راجر-هارپندینگ و چند نمایی بودن نمودار آن گسترش گونه اتفاق نیفتاده است، اما بر اساس نتایج دو آماره تاجیما و FU می‌توان نتیجه گرفت که امکان گسترش گونه در گذشته وجود داشته، اما این گسترش معنی‌دار نبوده است. درخت تبارزایشی رسم شده بیانگر این مسئله است که ساختار ژنتیکی مستقلی برای جمعیت‌های مورد مطالعه وجود ندارد و تفاوت درون جمعیتی بیش‌تر از تفاوت بین جمعیتی است و شبکه هاپلوتایپی رسم شده نیز این نظر را تأیید می‌کند. اگرچه با توالی‌یابی یک قسمت کوتاه از ژنوم یک گونه به تنهایی نمی‌توان برنامه حفاظتی برای یک گونه را مشخص نمود ولی بر اساس نتایج بدست آمده می‌توان نتیجه گرفت که جمعیت روباه در این مناطق در حال حاضر با مشکل گردنه بطری روبرو نیست.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Genetic Structure of Red Fox (Vulpes vulpes) based on D-Loop Region Sequence of the Mitochondrial Genome in Central region of IRAN

چکیده [English]

In this research in order to survey genetic structure of Red Fox in central region of Iran, 32 sample tissues were collected from five Provinces (Isfahan, Tehran, Semnan, Kerman and Yazd). After DNA extracting, D-Loop gene of mitochondrial genome was amplified using polymerase chain reaction (PCR) and 327 base pairs (bp) of this gene were sequenced for each sample. The results showed that there are 24 different haplotypes in the samples and haplotype diversity is equal to 0.98. Based on the results of the analysis of molecular variance (AMOVA), there is an average similarity between populations and the highest amount of sample variance is related to inter population changes. Species expansion has not been occurred due to Harpending’s Raggedness index and its multi exponential diagram. However based on the results of Tajima’s D and Fu’s Fs statistics, it could be concluded that species expansion had been possible in the past but it was not significant. Phylogenetic tree shows that there is no independent genetic structure for studied populations and in population differences are greater than among population differences. Haplotype network curve has also confirmed this issue. Although it is not possible to adopt a protection strategy by studying a short part of species genome, but due to the results of this research it might be concluded that there is a good gene flow among populations and currently there is no evidence of bottle neck problem among Fox populations of these regions.

کلیدواژه‌ها [English]

  • genetic structure
  • Red Fox
  • Mitochondrial Genome
  • Central region of IRAN